Période arabo-musulmane

Avec l'occupation arabo-musulmane de la part du Calife Omar en 638, Bethléem fut soumise à ce nouveau pouvoir. Le climat de tolérance et de cohabitation entre musulmans et chrétiens , fut garanti par le geste symbolique du Calife, qui, après l'occupation de la ville, entra pour prier devant l'abside sud de la Basilique. Depuis ce moment, la basilique devient un lieu de prière autant pour les chrétiens que pour les musulmans.

Dans un premier temps, la cohabitation et la tolérance entre les deux religions furent observées. Mais avec la succession des diverses califats, la situation des chrétiens de Bethléem empirera considérablement, jusqu'aux persécutions en 1009 de la part du Calife fatimide al-Hakim qui ordonna la destruction des sanctuaires de Terre Sainte.

La Nativité de Bethléem fut préservée miraculeusement, très probablement à cause de l'importance que le lieu avait aussi pour la religion islamique : il s'agit en effet du lieu de la naissance de celui qui est défini par les musulmans comme le prophète Issa. Mais aussi par le fait que la basilique accueillait une petite mosquée.