Période mameluck

En 1263, avec l'invasion de Jérusalem de la part des Mamelouks d'Egypte, le calife Baybars chassa les chrétiens de Bethléem et abattit les murs fortifiés de la ville. Durant cette période les pèlerins pourront rejoindre la ville seulement en payant des taxes.

A la suite de la chute d'Acre en 1291 et la fin du Règne latin de Jérusalem, la Palestine resta sous les mamelouks jusqu'à la conquête de l'Empire Ottoman .